按專利（含發明、新型、設計）及商標均為工業財產權最重要的一環，二者法律及適用、申請人均相同或近似，且其主管機關在台灣均為經濟部屬下之「智慧財產局」，該局內主管專利者為專利一組、專利二組及專利三組；商標主管者為商標權組。儘管如此，對專利商標從業人員而言，專利組與商標權組有些實務處理仍然不同。
台灣專利商標在實務上不同之處大致如下（法律不同處不在論述內）：
| 內容 | 專利實務 | 商標實務 | |
|---|---|---|---|
| 1 | 優先權與申請人之關係 | 。主張優先權之申請人與優先權案之權利人原則上應相同；但實務上可以不同，亦不必提出說明或證明有讓與行為 | 。主張優先權之申請人與優先權案之權利人原則上應相同；如不相同，需提出說明或證明有變更名稱或移轉 |
| 2 | 優先權證明書之提出 | 。必須在期限內提出優先權證明書正本或掃瞄本（必須以電子送件方式提出） 。主張日本優先權僅須填寫存取碼（Access Code），主張韓國優先權僅須寫電子交換，不必提出優先權證明書之正本或任何文件 | 。優先權證明書可以提出影本，不必正本 。主張歐盟及紐西蘭優先權者可由台灣代理人自行自歐盟及紐西蘭之智慧局影印優先權文件並提出即可 |
| 3 | 異動事項登記 (申請人名義、地址或代表人、讓與或移轉、合併等) | 。如異動之前與後的各案事實相同者，對申請人名義、地址、代表人之變更登記可用一文多案申請，TIPO也僅發一公文准予登記 。對專利讓與(合併)之登記必須每一案個別申請，不得一文多案，TIPO會對個案分別發公文准予讓與登記，並換發專利證書給受讓人（新的專利權人） | 。如異動之前與後的各案之事實相同者，對申請人名義、地址、代表人之變更登記可用一文多案申請，TIPO也僅發一公文准予登記 。對商標移轉(合併)之登記可用一文多案申請，TIPO也僅發一公文准予登記，且不另換發商標註冊證給受讓人（新的商標權人） |
| 4 | 特別代理人(非原登記之代理人) | 。對於專利權（或專利申請權）的各項變更或讓與（合併）皆可由特別委任非原登記的其他代理人辦理申請而不必管理（take over）該專利案 。惟讓與（合併）後如該案為已准專利，則智慧局在准予讓與登記之公文上會提醒該案處於無代理人狀態；如該案尚未准專利，則智慧局在准予讓與登記之公文上會要求受讓人(亦即讓與後的新申請人)必須指定代理人（可為原代理人或新代理人）續行代理該案各申請事項 | 。對於商標權（或商標申請案）的各項變更（移轉除外），可特別委任非原登記的其他代理人辦理申請而不必管理（take over）該商標案 。對於辦理商（（或商標申請案）的移轉（合併）之代理人，其必須承接（take over）該商標權（或商標申請案）成為代理人 |
| 5 | 異議制度 | 。專利沒有異議制度，只能提起舉發 | 。商標有異議制度及評定制度 |
| 6 | 撤銷制度 | 。專利舉發撤銷程序中，舉發人必須在提出舉發時或三個月內補提理由或證證，被舉發人（專利權人）需一個月內（可展期）提出答辯；嗣後智慧局於審查期間，如需要而通知舉發人或被舉發人限定一個月內提出陳述意見或補充答辯，雙方只能針對審查委員所載事項來補充新證據/理由或補充答辯，不能超出該事項 | 。商標異議及評定制度中，異議人/被異議人或評定人/被評定人，均可在未審決前補充新證據及理由，雙方交互攻防，至少二次以上 |
| 7 | 第三者意見書提出人 | 。第三者意見書不可用匿名提出 | 。第三者意見書可用匿名提出 |
