台灣專利及商標申請事項所需繳納之規費，智慧財產局早在多年前已開始電子收據服務，與紙本收據同時施行。申請人可選擇開立紙本收據或電子收據，二者具相同效力，可為營利事業列報費用之憑證。隨著數位轉型與永續發展的國際趨勢，智慧局於2026年1月6日開始全面推行電子收據。按智慧局現有E-SET電子申請系統經常更新，而線上申請系統原只限於商標及設計專利申請，於2026年1月2日起也可用於發明及新型專利申請。有關台灣專利商標的電子化措施，綜合說明如下：
電子收據
申請人辦理專利商標業務可用智慧局規定的系統線上送件和線上繳費，並直接從系統下載電子收據。如臨櫃或郵寄繳費，智慧局可提供電子收據清單，申請人掃描清單上的QR Code後輸入收取電子收據的電子郵件(EMAIL)信箱，即可由系統發送電子收據至該信箱。倘若申請人一次提出多件專利或商標申請事項，則可透過e網通(需註冊會員)的帳號經由「我的儀表板」(免憑證)或「E-Set」(需憑證)依其說明來下載整批電子收據。相較於紙本收據，電子收據因係數位形式，對申請人而言，利於保存與快速查詢，且不必擔心收據遺失或損毀。
電子申請
申請人可使用智慧局提供的兩種電子方式申請專利或商標：一)E-SET電子申請系統、二)直接線上申請系統。基本上，申請人(或代理人)需先辦理憑證並於智慧局e-網通註冊會員。電子申請系統必須安裝E-SET軟體(於e-網通下載)，其提供專利商標各類申請書(Microsoft Office Word的檔案編輯格式)、電子公文及收據下載等功能。線上申請系統為直接在e-網通網頁的制式欄位填寫申請書，其專利和商標申請的表單書類較少，適用於個人或申請量小的申請人。
目前台灣專利或商標的新申請案及其他申請事項，申請人仍可用紙本送件(依智慧局規定的書表)，但智慧局對新申請案的電子申請有提供減收規費，參見下表。
| 專利新申請案規費 | 紙本申請 | 電子申請 | |
|---|---|---|---|
| 專利申請 | 發明 (需另申請實體審查) | NT$3,500 | 每件減收NT$600 |
| 新型 (形式審查) | NT$3,000 | ||
| 設計 (自動審查) | NT$3,000 | ||
附註：發明專利申請實體審查之規費為每件NT$8000 (說明書及圖式合計50頁以下及申請專利範圍之請求項在10項以內)；說明書及圖式合計每超過50頁者，每50頁加收NT$500；請求項超過10項者，每項加收NT$800。
| 商標新申請案規費 | 紙本申請 | 電子申請 | |
|---|---|---|---|
| 商標註冊申請 | 商標或團體商標 | 同類商品中指定使用之商品在20個以下，每類NT$3,000；超過20個，每增加1個加收NT$200 | 每件減收NT$300；全部指定使用之商品或服務與電子申請系統參考名稱相同，每類再減收NT$300。 |
| 商標或團體商標 | 每類NT$3,000；指定使用在第35類之特定商品零售服務，超過5個，每增加1個加收NT$500 | ||
| 商標 | 每類加收NT$6,000 | ||
| 團體標章或證明標章 | 每件NT$5,000 | ||
電子公文
申請人(或其代理人)依電子送達約定同意接收智慧局電子公文送達專利商標申請及其他程序相關事項，即可從智慧局電子公文下載平台收受公文。
智慧局電子公文以申請人自平台下載完成時為送達時間，但法定期間或指定期間以下載完成次日起算。智慧局也會以電子郵件提醒申請人領取公文，如未於5個工作日內下載公文，則將改以紙本方式寄送該公文。
電子證書
台灣自2023年1月1日起發行專利及商標電子證書。在智慧局通知專利或商標申請案核准後，申請人於繳費請領證書時，可選擇申請電子證書或紙本證書，二者所需繳納的規費相同。專利證書規費為NT$1000(請領證書時需同時繳納至少第一年年費)，而商標證書為NT$2500(如有兩個或以上的類別，則第二類起每類加收NT$2500)。TIPO發行的電子證書採用具防偽機制的PDF檔案格式。申請人(或其代理人)於收到TIPO通知發證後需到TIPO電子服務系統(E-SET)或指定網站下載電子證書。 申請人如果已選擇發給紙本證書，其即為正本證書，無法改為或另要求核發電子證書。但若申請人取得TIPO核發的電子證書(為正本)後，仍有紙本證書的需求，則可另外向TIPO提出申請紙本形式的證書副本 (亦即，該紙本證書為副本)。此副本證書的性質係當作證書正本的證明文件，其上所載的發證日期與正本相同(除非申請人依相關規定辦理補換發證書，需繳納補換發規費)。紙本形式的副本證書不限申請份數，惟申請時需按份數繳納規費，專利為每份NT$1000，商標為每份NT$500。
